心臓を失い命を落とした虎杖悠仁は、死後のような空間で宿儺と再び相まみえる。そこは血の匂いが漂う不気味な骨の王座――宿儺の内なる領域だった。宿儺は悠仁に取引を持ちかけ、「自分が一度だけ体を支配できる」という条件のもと、命を返してやると告げる。しかし悠仁は強く拒み、「他人の命を踏みにじるような生き方はしない」と言い切る。宿儺は嘲笑いながらも、その意志を認め、強制的に契約を結ぶことに成功する。そして現実世界では、伏黒が絶望の中で悠仁の遺体を抱きしめていた――だが、次の瞬間、悠仁のまぶたがゆっくりと開くのだった。
虎杖と東堂の連携によって真人は徐々に追い詰められ、通常の攻撃では対応できなくなっていく。虎杖は怒りと仲間への思いを力に変え、宿儺の存在を抑えながら必死に反撃を続ける。真人もなお戦闘の中で形態を変化させて攻撃を仕掛けるが、二人の息の合った連携と虎杖の成長によって徐々に押され始め、渋谷の戦場は激しい攻防の極みに達していく――。
虎杖、伏黒、野薔薇は市街で呪詛師による一般人への嫌がらせを捜査し、巧妙な術式の範囲を突き止めて討伐。捕まえた呪詛師はキャバ嬢の客で、恨みによって呪いを使っていた。虎杖は五条との最後の対話を思い返し、彼の遺志を引き継ぐ決意を新たにする。最後に、両面宿儺の“最後の指”が未封印のまま残っていることが明かされ、新たな可能性が示される
伏黒と釘崎が任務に向かう一方で、五条悟は特級呪霊・漏瑚（じょうご）との壮絶な戦闘に突入する。漏瑚は人間に対する強烈な憎悪を抱き、呪霊こそが真の存在だと語りながら五条を圧倒しようとする。しかし、五条はそのすべての攻撃を余裕の笑みで受け流し、ついには自らの「無下限呪術」と「領域展開・無量空処（むりょうくうしょ）」を発動。圧倒的な次元の力で漏瑚を完全にねじ伏せる。その光景を見た悠仁は、呪術師の頂点に立つ五条の強さと“現実の差”を痛感し、さらに強くなることを心に誓うのだった。
渋谷事変の戦いが続く中、虎杖は仲間たちの思いを胸に奮闘する。野薔薇の支援も受けつつ、彼はマヒトに対抗するため冷静さを取り戻し、戦局を立て直そうとする。マヒトは攻撃を仕掛けるが、虎杖の覚悟と成長が次第に勝利への流れを生み出す。
渋谷での戦いからしばらく経ち、虎杖悠仁たちはそれぞれの成長を見せながら、京都校との交流会に向けて準備を進めていた。伏黒恵と釘崎野薔薇は実戦訓練で互いを高め合い、悠仁も七海との修行で得た経験を糧に呪力の扱いをさらに磨いていく。一方、京都校では東堂葵や加茂憲紀、三輪霞など個性豊かなメンバーが登場し、東京校との対抗戦に向けて士気を高めていた。しかしその裏では、呪霊側が交流会を狙って不穏な動きを見せており、平穏な空気の中に確実に忍び寄る“闇”の影があった――。
虎杖と東堂の連携攻撃により、真人は追い詰められ、焦りと苛立ちを隠せなくなる。虎杖は七海や仲間たちの思いを胸に、怒りと覚悟を力に変えて決定的な一撃を放とうとする。真人も形態変化と術式で抵抗を試みるが、渋谷の戦場では戦局が急速に決定的な局面へと進み、勝敗の行方がついに見え始めていた――。