虎杖悠仁は五条悟の監督のもと、呪術師としての本格的な修行を始める。まず彼に課せられたのは、「呪力の制御」を学ぶための特訓だった。感情の起伏によって乱れる呪力を安定させるため、悠仁はなんと映画鑑賞をしながらぬいぐるみに呪力を流し続けるという、奇妙で地味な訓練に挑む。一方その頃、伏黒恵と釘崎野薔薇は別任務に派遣され、現場で呪霊との実戦を経験していた。三人がそれぞれの場所で成長していく中、五条は近づきつつある“強敵”の存在を感じ取っていた――物語は新たな闘いの幕開けを迎える。
第194話では、則利（かものりとし）が真希を守るため、激しい戦いの中で自分を犠牲にする覚悟を見せる。直哉（なおや）はその高速力で優勢を保ちつつ、則利の血を利用した攻撃に気づく。則利は重傷を負いながらも必死に時間を稼ぎ、真希に回復の猶予を与えようとする.
第224話では、五条悟と宿儺の激しい直接対決が描かれ、建物を巻き込むほどの攻撃を繰り出す。互いに無傷で立ち上がり、戦いはまだ続くことが示される。
伏黒が日車寛見の情報を集めるために動き、虎杖と合流して次の目的地を確認する。死滅回游参加者の危険性が徐々に明らかになり、日車の脅威が強調される回。
渋谷での戦いからしばらく経ち、虎杖悠仁たちはそれぞれの成長を見せながら、京都校との交流会に向けて準備を進めていた。伏黒恵と釘崎野薔薇は実戦訓練で互いを高め合い、悠仁も七海との修行で得た経験を糧に呪力の扱いをさらに磨いていく。一方、京都校では東堂葵や加茂憲紀、三輪霞など個性豊かなメンバーが登場し、東京校との対抗戦に向けて士気を高めていた。しかしその裏では、呪霊側が交流会を狙って不穏な動きを見せており、平穏な空気の中に確実に忍び寄る“闇”の影があった――。
第251話では、ユウジとユタがスクナに総攻撃を仕掛け、自分たちの計画を実行に移す。スクナは自分の技で顔を切られ、自らの呪術出力が弱まっていることを感じ始める。ユウジは血を使った攻撃でスクナをかく乱し、ユタはヤコブズラダーなど強力な技で反撃。 最後に、禪院真希（マキ） が登場し、分身の剣「スプリットソウル刀」を使ってスクナに一撃を与える。
心臓を失い命を落とした虎杖悠仁は、死後のような空間で宿儺と再び相まみえる。そこは血の匂いが漂う不気味な骨の王座――宿儺の内なる領域だった。宿儺は悠仁に取引を持ちかけ、「自分が一度だけ体を支配できる」という条件のもと、命を返してやると告げる。しかし悠仁は強く拒み、「他人の命を踏みにじるような生き方はしない」と言い切る。宿儺は嘲笑いながらも、その意志を認め、強制的に契約を結ぶことに成功する。そして現実世界では、伏黒が絶望の中で悠仁の遺体を抱きしめていた――だが、次の瞬間、悠仁のまぶたがゆっくりと開くのだった。