渋谷での激闘を終えた虎杖悠仁と七海建人は、ようやく真人との戦いに一区切りをつける。多くの犠牲を前に、悠仁は自分が救えなかった命の重さに深く打ちのめされるが、七海は静かに「それでも前に進め」と彼を励ます。一方、呪霊側では真人が傷を癒しながら、夏油傑（げとう すぐる）を名乗る謎の男と接触し、人間社会への大規模な侵攻計画が動き出していた。呪術師たちがそれを知らぬまま、悠仁たちは次なる任務に向けて再び歩み出す。戦いの傷が癒えぬまま、彼らの日常は静かに新たな嵐へと向かっていく――。
虎杖と東堂の連携によって、真人は完全に追い詰められ、これまでの余裕を失い焦りを見せる。虎杖は七海や仲間たちの思いを胸に、怒りと覚悟を力に変え、決定的な一撃を繰り出す。真人も形態変化と術式で最後の抵抗を試みるが、渋谷の戦場での戦いはついに決定的な局面へ突入し、勝敗の行方が大きく揺れ動こうとしていた――。
虎杖は結界に入った直後に別のプレイヤー、羽場と遭遇し戦闘へ突入する。一方、伏黒も強制移動の影響で単独行動となり、別の敵との接触が迫る。二人が個別に危険へ向き合う回。
第250話では、乙骨優太（ユタ）が自身の領域展開「Authentic Mutual Love」を発動し、無限の模倣術式を駆使して宿儺を追い込む。領域内には無数の刀が配置されており、それぞれにユタがコピーした術式が秘められている。一方、虎杖悠仁（ユウジ）は魂を狙った攻撃で宿儺と戦い、彼の呪力を徐々に削ろうとする。 最終的に、ユタは宿儺の技「Cleave（スライス技）」を模倣して反撃し、かなりのダメージを与える展開となる。
虎杖悠仁が目を覚まし、正式に呪術高専の一員として再び歩み出す中、五条悟は新たな任務を与える。それは、悠仁・伏黒恵・釘崎野薔薇の3人で行う初めての本格的なチーム任務だった。彼らは、少年が行方不明になったという廃墟化した少年院に派遣されるが、そこに潜む呪霊は想定をはるかに超える特級クラスの存在だった。恐怖と緊張が走る中で、悠仁は自分の力の未熟さを痛感しながらも、「誰かを救うために戦う」という信念を再び心に刻むのだった。
渋谷での戦いからしばらく経ち、虎杖悠仁たちはそれぞれの成長を見せながら、京都校との交流会に向けて準備を進めていた。伏黒恵と釘崎野薔薇は実戦訓練で互いを高め合い、悠仁も七海との修行で得た経験を糧に呪力の扱いをさらに磨いていく。一方、京都校では東堂葵や加茂憲紀、三輪霞など個性豊かなメンバーが登場し、東京校との対抗戦に向けて士気を高めていた。しかしその裏では、呪霊側が交流会を狙って不穏な動きを見せており、平穏な空気の中に確実に忍び寄る“闇”の影があった――。
マヒトが0.2秒だけの領域展開を発動し、虎杖と東堂を驚かせる。東堂は「簡易領域（シンプルドメイン）」で応戦し、虎杖はマヒトに向かって全力で突っ込む。マヒトは新たに覚醒した形態になり、その“魂の本質”を探求しつつ、より恐ろしい姿を見せ始める。