虎杖悠仁たちは、真人の手口を真似た謎の呪霊と激突する。呪霊は人間の恐怖や後悔を糧に力を増すタイプで、戦いの最中、悠仁の心の奥に潜む“宿儺”の存在が揺らぎ始める。圧倒的な呪力の差に追い詰められる中、伏黒が冷静に敵の術式を読み解き、釘崎は自らを囮にして仲間を救う覚悟を決める。絶体絶命の瞬間、悠仁は怒りと悲しみを力に変え、限界を超えた一撃を放つ――しかしその一瞬、宿儺の笑い声が脳裏に響き、悠仁の中で何かが“目覚めかける”。呪霊を祓った後も、その不気味な余韻が残り、悠仁は自分が本当に人間でいられるのかという恐怖と向き合うことになるのだった。
七海は重傷のまま歩みを進め、ついに真人の本体と正面から対峙する。彼は最後の力を振り絞りながら、虎杖への期待と仲間への思いを胸に静かに覚悟を固める。しかし真人は七海の弱り切った状態を嘲笑うように近づき、無慈悲な一撃を放つ。ちょうどその瞬間、虎杖が駆けつけ、七海の最期の姿を目の当たりにしたことで胸中に激しい怒りと絶望が渦巻き、真人との決戦が避けられないものとなっていく――。
虎杖悠仁が目を覚まし、正式に呪術高専の一員として再び歩み出す中、五条悟は新たな任務を与える。それは、悠仁・伏黒恵・釘崎野薔薇の3人で行う初めての本格的なチーム任務だった。彼らは、少年が行方不明になったという廃墟化した少年院に派遣されるが、そこに潜む呪霊は想定をはるかに超える特級クラスの存在だった。恐怖と緊張が走る中で、悠仁は自分の力の未熟さを痛感しながらも、「誰かを救うために戦う」という信念を再び心に刻むのだった。
交流会の最中、突如として複数の呪霊が襲撃を開始し、会場は一瞬にして混乱に包まれる。京都校と東京校の生徒たちは敵味方の区別なく協力し、迫りくる呪霊に立ち向かう。虎杖悠仁と東堂葵も即座に連携し、圧倒的な戦闘センスで次々と呪霊を撃破していく。一方、五条悟が不在の隙を狙い、呪霊側は特級呪霊・花御（はなみ）を中心に大規模な攻撃を仕掛ける。自然の怒りを具現化したような花御の力は凄まじく、木々と根を操って生徒たちを圧倒。悠仁と東堂は、仲間を守るためにその怪物に立ち向かう決意を固める――命懸けの本当の“交流戦”が、今始まった。
虎杖悠仁の修行が進む中、五条悟は新たな指導者として七海建人（ななみ けんと）を紹介する。元サラリーマンという異色の経歴を持つ七海は、冷静沈着で理性的な一級呪術師だった。彼は悠仁に「呪術師は正義ではなく、仕事として人を救う」と教え、五条とは正反対の現実的な考え方を示す。その一方で、街では人間を呪霊に変える謎の男――真人（まひと）が暗躍を始めていた。彼の歪んだ実験によって次々と人々が犠牲になり、悠仁と七海はついにその事件の調査に乗り出す。物語は、人間と呪いの境界が揺らぐ新たな戦いへと突入していく――。
五条悟が「獄門疆」により封印された――その瞬間、渋谷全体が混乱と恐怖に包まれた。呪霊たちは歓喜に満ち、夏油傑（偽）は冷ややかに「最強は落ちた」と呟く。一方、外で戦っていた虎杖悠仁、伏黒恵、釘崎野薔薇のもとにも、五条封印の報が届く。信じられない現実に言葉を失う三人。しかし悠仁は、「五条先生を取り戻す」と強く誓い、仲間たちを鼓舞する。渋谷の結界内では、呪霊たちが次々と暴れ、人々が命を落としていく。伏黒は冷静に戦況を分析し、釘崎は涙を堪えて前を向く。三人は五条奪還のため、それぞれの持ち場で戦うことを決意する――絶望の中で、彼らの“覚悟”が光を放ち始めた。
宿儺に体を乗っ取られた虎杖悠仁は、圧倒的な呪力で伏黒恵を嘲笑うように攻撃する。伏黒は必死に悠仁を正気に戻そうとするが、宿儺はまるで遊ぶように彼を圧倒する。だが、その最中に悠仁の意識が再び表に現れ、自らの意思で宿儺を抑え込み、体を取り戻す。しかし戦いの代償は大きく、悠仁の肉体は限界を超え、彼は静かに意識を失う。五条悟が現場に駆けつけたとき、悠仁の心臓はすでに止まっていた――物語は衝撃の展開を迎える。