渋谷の街は、巨大な結界によって封鎖され、一般人は逃げ場を失ったまま呪霊の脅威に晒されていた。虎杖悠仁、伏黒恵、釘崎野薔薇は現場で次々と現れる呪霊に立ち向かうが、敵は精巧に人間の心理や連携を利用し、容易には攻撃を許さない。そんな中、五条悟が渋谷の中心部に姿を現す。圧倒的な存在感と呪力で周囲の空間を制圧し、次々と呪霊を一掃していく五条。しかし、その力の前でさえ、背後では夏油傑と真人の策謀が着々と進行しており、五条もまだ完全に油断できない状況だった。悠仁たちは、五条の力を間近で目にしつつ、仲間を守るため全力で戦う覚悟を新たにする――渋谷事変は、これから本格的な地獄の幕開けを迎えようとしていた。
虎杖悠仁は、再び日常に戻ったかと思われた矢先、新たな呪霊事件に巻き込まれる。現場では一般人が危険にさらされ、悠仁は迷うことなく助けに向かうが、呪霊の異常な強さに圧倒されそうになる。そこに伏黒恵と釘崎野薔薇が駆けつけ、三人は協力して呪霊を封じ込めようとする。戦闘の中で、悠仁は仲間との連携の大切さを改めて実感し、呪術師としての責任と覚悟を強く胸に刻む。しかし、事件の背後にはさらに強大な呪力が潜んでいることがほのめかされ、次なる危機が静かに迫っていた――。
交流会の戦いが終わり、虎杖悠仁、伏黒恵、釘崎野薔薇はそれぞれの任務や修行を通じて成長を実感する。花御の襲撃を経て、悠仁は自分の力の限界と、仲間を守ることの重みを深く理解する。一方、東堂葵との交流で得た戦闘感覚や連携力も身についており、実戦での経験が彼を大きく変えたことを実感する。呪術高専では五条悟が生徒たちを見守りつつ、さらに強敵との対峙に備えた教育を続ける。だが、表面上の平穏の裏では、真人や呪詛師たちの暗躍が続いており、悠仁たちに次なる試練が迫っていた――。
虎杖悠仁と東堂葵の激しい戦いは、次第に“戦い”から“修行”へと変わっていく。東堂は悠仁の才能を見抜き、呪力の流れを完全に操る方法を体で叩き込む。悠仁は何度も地に倒れながらも立ち上がり、ついに呪力を「打撃の瞬間」に集中させることに成功――拳に真の重みが宿る。その成長を見た東堂は満足げに笑い、「お前はもう立派な呪術師だ、親友よ」と称える。だが、そんな二人の前に突如として、交流会を狙う呪霊たちが乱入。戦いは訓練から一転、本物の命懸けの戦場へと変貌していく――。
虎杖はマヒトとの因縁の対決の後、傷だらけのまま渋谷駅構内に戻る。彼の目に映るのは、戦場となった街と、多くの犠牲者の姿だった。疲れきった体を支えに、虎杖はこれまで守ろうとしてきたものの重さを改めて実感し、自分の歩むべき道を静かに問い直す。
野薔薇が致命傷を負ったかのような状況で、虎杖の決意が限界に達する。マヒトはその絶望につけ込み、身体的にも精神的にも悠仁を追い詰める。そこへ青砥（あおい・トド）が「不義遊戯」で突如現れ、虎杖を救い出す。――絶望の中でも、彼の魂は再び燃え上がった。
渋谷で呪霊を狩っていた虎杖悠仁と脹相に、禪院直哉が現れて対決を挑む。直哉は虎杖に「死刑」が再開されたことを告げ、さらに攻撃をしかける。そこへ、かつての仲間・乙骨憂太が異変を察して登場し、戦局が緊迫した新展開を迎える。