渋谷での激闘を終えた虎杖悠仁と七海建人は、ようやく真人との戦いに一区切りをつける。多くの犠牲を前に、悠仁は自分が救えなかった命の重さに深く打ちのめされるが、七海は静かに「それでも前に進め」と彼を励ます。一方、呪霊側では真人が傷を癒しながら、夏油傑（げとう すぐる）を名乗る謎の男と接触し、人間社会への大規模な侵攻計画が動き出していた。呪術師たちがそれを知らぬまま、悠仁たちは次なる任務に向けて再び歩み出す。戦いの傷が癒えぬまま、彼らの日常は静かに新たな嵐へと向かっていく――。
虎杖は東堂のサポートを受けつつ、怒りと覚悟を力に変えて真人に最後の一撃を放とうとする。真人は形態変化と術式で必死に抵抗するが、虎杖の強い決意に徐々に押されていく。渋谷の戦場では、二人の戦いが極限に達し、真人の運命がついに決定的な局面を迎えようとしていた――。
虎杖と東堂の連携はさらに精度を増し、真人は徐々に追い詰められていく。虎杖は七海の思いと仲間たちの期待を胸に、冷静さと怒りを融合させた攻撃を繰り出す。一方、真人はその圧力に動揺しつつも形態変化を続け、戦闘は渋谷の中心で熾烈な一進一退の攻防となる。二人の術師と真人の戦いは、運命を決する局面へと突入していった――。
ユキ・ツクモと“偽・ゲトー（ケンジャク）”が対峙し、人類の進化と呪力の在り方について激しい思想対立を繰り広げる。ユキは「呪力から解放される未来」を信じる一方、ケンジャクは「呪力の最適化こそ人類の可能性」と主張。彼の真の目的は、呪術師・一般人・呪霊すべてを“呪力の器”とみなし、カオスによって新たな可能性を解き放つことだった。
虎杖悠仁が宿儺との内なる対話に苦しむ一方で、五条悟は呪術高専の会議に呼ばれ、新たな脅威の報告を受けていた。それは、複数の呪霊が連携して行動しているという前例のない異常事態――その中心に、真人や夏油傑の姿があるという情報だった。五条は、彼らの目的が単なる破壊ではなく“呪術界そのものの転覆”にあると見抜き、悠仁たちを再び実戦に出す決意を固める。一方、伏黒と釘崎は次の任務に備え、それぞれの弱点を克服しようと修練を積む。悠仁もまた、恐怖を抱えながら「もう誰も失わない」と心に誓い、拳を固く握る。そんな中、闇の中で動く夏油たちは、ついに“渋谷”という地を舞台にした計画の幕を開けようとしていた――。
虎杖と東堂の連携攻撃により、真人はついに追い詰められ、冷酷な余裕を失い焦りを見せる。虎杖は七海や仲間たちの思いを胸に、怒りと覚悟を力に変えて最後の反撃を仕掛ける。真人も形態変化と術式で必死に抵抗するが、渋谷の戦場で繰り広げられる三者の死闘は、ついに決定的な局面を迎え、勝敗の行方が大きく動こうとしていた――。
虎杖悠仁は五条悟の監督のもと、呪術師としての本格的な修行を始める。まず彼に課せられたのは、「呪力の制御」を学ぶための特訓だった。感情の起伏によって乱れる呪力を安定させるため、悠仁はなんと映画鑑賞をしながらぬいぐるみに呪力を流し続けるという、奇妙で地味な訓練に挑む。一方その頃、伏黒恵と釘崎野薔薇は別任務に派遣され、現場で呪霊との実戦を経験していた。三人がそれぞれの場所で成長していく中、五条は近づきつつある“強敵”の存在を感じ取っていた――物語は新たな闘いの幕開けを迎える。