ついに東京校と京都校の交流会が開幕する。会場には五条悟をはじめとする教師陣、そして両校の生徒たちが集まり、緊張感と熱気に包まれていた。だが、その裏では京都校の学長・楽巌寺嘉伸が、虎杖悠仁の抹殺を密かに指示していた。久々に姿を現した悠仁に驚く京都校メンバーの中で、東堂葵だけは彼に強い興味を示し、開幕早々、圧倒的な力で挑みかかる。悠仁は全力で応戦するが、東堂の怪力と戦闘センスは桁外れだった。戦いの中で、東堂は悠仁の「理想の女性像」を聞き出し、意外な共感を覚える――この出会いが、二人の関係に思いもよらぬ絆を生み始めるのだった。
静かな日常が戻ったかに見えた呪術高専。しかしその裏で、真人とその仲間・夏油傑の暗躍が着々と進んでいた。彼らは人間社会に紛れ、呪霊と人間の境界を壊す新たな計画を実行しようとしていた。一方、虎杖悠仁たちは五条悟から新たな任務を受け、街中で発生している奇妙な呪力反応の調査へと向かう。現場では、人間が突如として呪い化するという異常な現象が発生しており、悠仁は目の前で人が変わり果てていく光景に言葉を失う。伏黒と釘崎は冷静に状況を分析しつつ、悠仁を支えるが、三人の前に立ちはだかるのは、まるで真人の手口を模倣したかのような新たな呪霊だった――。暗雲が立ち込める中、再び“人と呪い”の境界が揺らぎ始めていく。
宿儺との契約によって命を取り戻した虎杖悠仁は、呪術高専の医務室で静かに目を覚ます。自分が再び生きていることに戸惑いながらも、宿儺の中で交わした不気味な契約の記憶が脳裏を離れない。一方、伏黒と釘崎は悠仁の死を知らされ、深い悲しみの中でそれぞれの想いを抱えていた。そんな中、五条悟は悠仁の存在をしばらく秘密にしておくことを決め、彼に特別な訓練を課す準備を始める。悠仁は自らの無力さを痛感しながらも、「もっと強くなって人を救いたい」と新たな決意を胸に刻むのだった。
虎杖は東堂の援護を受けながら、怒りと覚悟を胸に真人に最後の一撃を仕掛ける。真人は形態変化と術式で必死に抵抗するが、虎杖の成長した力と決意に押され、次第に追い詰められていく。渋谷の戦場での死闘は極限に達し、ついに真人の運命が決定的な局面を迎えようとしていた――。
虎杖と伏黒が東京第1結界へ突入し、入った直後に結界内のプレイヤーたちから奇襲を受ける。虎杖は強制的に別方向へ飛ばされ、伏黒と分断される。二人は結界のルールに翻弄されながら、それぞれ単独で戦うことになる回。
伏黒恵と重面春太の戦いが激化する中、伏黒は冷静な判断で式神を駆使し、相手の隙を突く。彼は「自分一人でもやる」と覚悟を決め、仲間のために全力を尽くす。一方、地上では虎杖が新たな脅威の気配を感じ取り、渋谷の更なる混乱へと足を踏み入れる。五条封印の余波が広がる中、それぞれの戦場で術師たちの意志が試されようとしていた――。
伏黒と釘崎が任務に向かう一方で、五条悟は特級呪霊・漏瑚（じょうご）との壮絶な戦闘に突入する。漏瑚は人間に対する強烈な憎悪を抱き、呪霊こそが真の存在だと語りながら五条を圧倒しようとする。しかし、五条はそのすべての攻撃を余裕の笑みで受け流し、ついには自らの「無下限呪術」と「領域展開・無量空処（むりょうくうしょ）」を発動。圧倒的な次元の力で漏瑚を完全にねじ伏せる。その光景を見た悠仁は、呪術師の頂点に立つ五条の強さと“現実の差”を痛感し、さらに強くなることを心に誓うのだった。