交流会の戦いが終わり、虎杖悠仁、伏黒恵、釘崎野薔薇はそれぞれの任務や修行を通じて成長を実感する。花御の襲撃を経て、悠仁は自分の力の限界と、仲間を守ることの重みを深く理解する。一方、東堂葵との交流で得た戦闘感覚や連携力も身についており、実戦での経験が彼を大きく変えたことを実感する。呪術高専では五条悟が生徒たちを見守りつつ、さらに強敵との対峙に備えた教育を続ける。だが、表面上の平穏の裏では、真人や呪詛師たちの暗躍が続いており、悠仁たちに次なる試練が迫っていた――。
虎杖悠仁が目を覚まし、正式に呪術高専の一員として再び歩み出す中、五条悟は新たな任務を与える。それは、悠仁・伏黒恵・釘崎野薔薇の3人で行う初めての本格的なチーム任務だった。彼らは、少年が行方不明になったという廃墟化した少年院に派遣されるが、そこに潜む呪霊は想定をはるかに超える特級クラスの存在だった。恐怖と緊張が走る中で、悠仁は自分の力の未熟さを痛感しながらも、「誰かを救うために戦う」という信念を再び心に刻むのだった。
第248話では、日暮丸の命をかけた計画が失敗し、彼は命を落とす. ユウジは反転術式を習得し、自分の傷を回復させて戦闘を継続する。その直後、**乙骨優太（ユタ）**が戦場に登場し、宿儺との対峙が始まる。
第240話では、高羽（タカバ）が羂索（ケンジャク）と戦い、彼の意外な“お笑い”能力を使って対抗する。 ケンジャクはタカバの術式の仕組みを分析し、自信や想像力が力の源であることに気づく。 戦いの中で、タカバは仲間・ハゼノキの死骸を見て精神的に揺らぎ、笑いを失い始める。
渋谷事変からの余波として、東京はほぼ呪霊によって占拠され、23区の大部分が壊滅的な被害を受ける。乙骨憂太（ユタ）が帰国し、呪術高専に復帰。五条や渋谷事件に関する高専内部の決定事項が明かされ、悠仁・虎杖の死刑執行が再び議題に上る。
乙骨憂太（ユタ）が現れ、虎杖悠仁と血の兄弟・血塗（ちょうそ）との対峙に割って入る。ナオヤ禪院はユタを利用し、悠仁を二人から切り離す策略を仕掛ける。ユタとナオヤは共闘するように見えるが、それぞれの本当の目的が交錯し、緊張感が高まる。
第254話では、一級術師・草壁篤也（クサカベ）が宿儺と対峙し、「シンプル領域」と剣術スタイルを発動して猛攻を仕掛ける。彼は「イブニング・ムーン剣式」で呪力を高めながら、宿儺の呪術を弱め、自動反撃機構を活用して連続斬撃を叩き込む。 しかし、激しい斬撃の応酬の末、草壁の刀は折れてしまい、彼は致命傷を負って地面に倒れる。