ついに東京校と京都校の交流会が開幕する。会場には五条悟をはじめとする教師陣、そして両校の生徒たちが集まり、緊張感と熱気に包まれていた。だが、その裏では京都校の学長・楽巌寺嘉伸が、虎杖悠仁の抹殺を密かに指示していた。久々に姿を現した悠仁に驚く京都校メンバーの中で、東堂葵だけは彼に強い興味を示し、開幕早々、圧倒的な力で挑みかかる。悠仁は全力で応戦するが、東堂の怪力と戦闘センスは桁外れだった。戦いの中で、東堂は悠仁の「理想の女性像」を聞き出し、意外な共感を覚える――この出会いが、二人の関係に思いもよらぬ絆を生み始めるのだった。
渋谷での戦いからしばらく経ち、虎杖悠仁たちはそれぞれの成長を見せながら、京都校との交流会に向けて準備を進めていた。伏黒恵と釘崎野薔薇は実戦訓練で互いを高め合い、悠仁も七海との修行で得た経験を糧に呪力の扱いをさらに磨いていく。一方、京都校では東堂葵や加茂憲紀、三輪霞など個性豊かなメンバーが登場し、東京校との対抗戦に向けて士気を高めていた。しかしその裏では、呪霊側が交流会を狙って不穏な動きを見せており、平穏な空気の中に確実に忍び寄る“闇”の影があった――。
渋谷での激闘を終えた虎杖悠仁と七海建人は、ようやく真人との戦いに一区切りをつける。多くの犠牲を前に、悠仁は自分が救えなかった命の重さに深く打ちのめされるが、七海は静かに「それでも前に進め」と彼を励ます。一方、呪霊側では真人が傷を癒しながら、夏油傑（げとう すぐる）を名乗る謎の男と接触し、人間社会への大規模な侵攻計画が動き出していた。呪術師たちがそれを知らぬまま、悠仁たちは次なる任務に向けて再び歩み出す。戦いの傷が癒えぬまま、彼らの日常は静かに新たな嵐へと向かっていく――。
虎杖悠仁と七海建人は、魂を弄ぶ呪霊・真人との死闘を続けていた。真人は無数の改造人間を操りながら、二人を精神的にも追い詰めていく。悠仁は、かつて人間だった彼らを祓わなければならない現実に胸を痛め、それでも「俺が祓う。俺が背負う」と覚悟を固める。七海はそんな悠仁の成長を感じ取り、最後の一撃にすべてを賭ける。二人の連携で追い詰められた真人は、命からがらその場を離脱するが、悠仁の中には初めて“呪いを憎むだけでなく、理解しようとする心”が芽生えていた――。
七海建人が満身創痍の状態で真人と戦う中、虎杖悠仁がついに現場へ駆けつける。真人の残酷な笑みと、人間を弄ぶような振る舞いに怒りを爆発させた悠仁は、全力で拳を叩き込む。しかし真人は魂そのものを変質させる術式「無為転変」で攻撃を受け流し、悠仁の“魂への干渉が効かない”という特異な体質に気づく。戦いの中で、真人は悠仁を「自分と同じ存在」として興味を抱き始め、悠仁はそんな歪んだ言葉に強い嫌悪と恐怖を覚える。七海と悠仁は力を合わせ、命懸けで真人を追い詰めていく――だが、その笑みが消えることはなかった。
七海建人と真人の戦いは、魂の次元でぶつかり合う激闘へと発展する。真人は人間の魂を自在に捻じ曲げ、肉体を変形させるという恐ろしい術式で七海を追い詰める。一方で、虎杖悠仁は別の現場で改造された人間たちを目の当たりにし、呪霊と化した彼らを exorcise（祓う）しかない現実に心を痛める。涙をこらえながら拳を振るい、人間であった存在を葬る悠仁の姿は、呪術師としての宿命の重さを象徴していた。戦いの末、七海は満身創痍になりながらも真人の能力を見抜き、次なる反撃の機をうかがうのだった。
七海建人と虎杖悠仁は、渋谷で発生した不可解な変死事件を調査するうちに、呪霊によって人間が“改造”されているという恐るべき真実に辿り着く。現場に現れたのは、無邪気な笑みを浮かべながら人を殺す危険な呪霊――真人（まひと）だった。七海は悠仁に退避を命じ、自ら前線に立って真人と激突する。真人の“魂の形”を操る能力に苦戦しながらも、七海は冷静に戦況を分析し、的確な呪術で応戦する。その圧倒的な技術と覚悟を目の当たりにした悠仁は、呪術師としての本当の覚悟と責任の重さを痛感するのだった。
虎杖悠仁の修行が進む中、五条悟は新たな指導者として七海建人（ななみ けんと）を紹介する。元サラリーマンという異色の経歴を持つ七海は、冷静沈着で理性的な一級呪術師だった。彼は悠仁に「呪術師は正義ではなく、仕事として人を救う」と教え、五条とは正反対の現実的な考え方を示す。その一方で、街では人間を呪霊に変える謎の男――真人（まひと）が暗躍を始めていた。彼の歪んだ実験によって次々と人々が犠牲になり、悠仁と七海はついにその事件の調査に乗り出す。物語は、人間と呪いの境界が揺らぐ新たな戦いへと突入していく――。
伏黒と釘崎が任務に向かう一方で、五条悟は特級呪霊・漏瑚（じょうご）との壮絶な戦闘に突入する。漏瑚は人間に対する強烈な憎悪を抱き、呪霊こそが真の存在だと語りながら五条を圧倒しようとする。しかし、五条はそのすべての攻撃を余裕の笑みで受け流し、ついには自らの「無下限呪術」と「領域展開・無量空処（むりょうくうしょ）」を発動。圧倒的な次元の力で漏瑚を完全にねじ伏せる。その光景を見た悠仁は、呪術師の頂点に立つ五条の強さと“現実の差”を痛感し、さらに強くなることを心に誓うのだった。
虎杖悠仁は五条悟の監督のもと、呪術師としての本格的な修行を始める。まず彼に課せられたのは、「呪力の制御」を学ぶための特訓だった。感情の起伏によって乱れる呪力を安定させるため、悠仁はなんと映画鑑賞をしながらぬいぐるみに呪力を流し続けるという、奇妙で地味な訓練に挑む。一方その頃、伏黒恵と釘崎野薔薇は別任務に派遣され、現場で呪霊との実戦を経験していた。三人がそれぞれの場所で成長していく中、五条は近づきつつある“強敵”の存在を感じ取っていた――物語は新たな闘いの幕開けを迎える。